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補助金に係る消費税仕入控除税額報告について

更新日:2022年7月12日

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税制上、補助金は特定収入であるため、消費税を含む補助金の交付を受けた場合、当該補助金は預かり消費税の対象とはなりません。従って、補助事業で支出した消費税を含めて仕入控除を受けた場合、自らが支払っていない消費税の仕入控除を受けたこととなり、当該仕入控除税額分の補助金を返還していただく必要があります。補助金の交付を受けた年度の消費税及び地方消費税の確定申告終了後、仕入控除税額の報告をお願いしています。(補助金交付時の条件となっています。)なお、仕入控除を受けていない場合でも報告は必要ですので、ご注意ください。

仕入控除税額報告の要領

報告対象事業者

交付を受けた補助金の交付要綱により消費税仕入控除額報告を行うことが求められている事業者。

報告の時期

消費税の確定申告後、速やかに行うこと。

報告先

補助事業の交付申請を行った担当課

仕入控除税額(返還額)の計算方法

 次のいずれかに該当する場合には返還の必要はありません。なお、返還がない場合でも報告は必要となります(但し、以下の6、7の場合は補助事業によっては報告不要な場合もあり。)、その際に、事情のわかる資料を添付してください。

  1. 消費税の申告義務がない。
  2. 簡易課税方式により申告している。
  3. 公益法人等(※)であり、特定収入割合が5%を超えている。
  4. 補助対象経費に係る消費税を個別対応方式において「非課税売上のみに要するもの」として申告している。
  5. 補助対象経費が人件費等の非課税仕入となっている。
  6. 補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額を補助金額から減額して実績報告を提出した場合。
  7. 消費税を含まない金額で補助金が交付された場合。

(※)公益法人等とは地方公共団体の特別会計、一般財団法人、一般社団法人、学校法人、公益財団法人、公益社団法人、国民健康保険組合、国立大学法人、社会福祉法人、地方独立法人、独立行政法人、日本赤十字社等が該当します。詳しくは消費税法別表第三をご覧ください。

返還がある場合

課税売上高が5億円以下、かつ課税売上割合が95%以上の場合は、課税仕入れに含まれる消費税の額はその全額を課税売上に係る消費税の額から控除できます。95%未満の場合は課税仕入れに含まれる消費税額の全額は控除できなく、税務申告の際に以下の2、3の方式のいずれかを選択することになっています。

1課税売上高が5億円以下、かつ課税売上割合が95%以上の場合(全額控除)  
補助金額(※)×10÷110=返還額(円未満切り捨て)
2課税売上高が5億円超、又は課税売上割合が95%未満の場合で「一括比例配分方式」を採用している場合
補助金額(※)×10÷110×課税売上割合=返還額(円未満切り捨て)
3
課税売上高が5億円超 、又は課税売上割合が95%未満の場合で「個別対応方式」を採用している場合
AとBの合計額=返還額

A:課税売上のみに要する補助対象経費に使用された補助金
補助金額(※)×10÷110=返還額(円未満切り捨て)

B:課税売上と非課税売上に共通して要する補助対象経費に使用された補助金
補助金額(※)×10÷110×課税売上割合=返還額(円未満切り捨て)

補助金額(※)

補助対象経費に課税仕入れと非課税仕入れが混在する場合、補助対象経費に含まれる課税仕入れと非課税仕入れの割合により補助金額を按分し、課税仕入れに係る補助金のみ計算対象とします。
ただし、消費税の税務申告又は補助金の実績報告において補助金の使途を明確にしている場合には課税仕入れに使用した補助金のみ計算の対象とします。

留意事項返還額の計算において、課税売上割合は端数処理を行わず計算し(ただし、消費税の申告において課税売上割合を端数処理した場合には、その割合を用いる。)、また、算出された返還額は円未満を切り捨てること。

        

制度の詳細について

消費税仕入税額控除制度の詳細については、お近くの国税局にご相談ください。
なお、仕入税額控除については、国税局のホームページ(外部サイト)新規ウインドウで開きます。に記載しております。

報告に必要な書類

返還の有無により以下の書類を提出してください。なお、追加で書類の提出をお願いすることもございますので、あらかじめご了承ください。

返還がない場合

  1. 消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書
  2. 返還がない事業者であることの挙証資料

返還がある場合

  1. (補助金の交付を受けた年度)消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書
  2. (補助金の交付を受けた年度)消費税の確定申告書、付表1「旧・新税率別、消費是額計算表兼地方消費税の課税標準となる消費税額計算表」及び付表2「課税売上割合・控除仕入税額等の計算表」
  3. 仕入控除税額(返還額)の計算方法(任意様式)

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